L'église Saint-Pierre de Moutiers se compose d'une nef romane précédée d'un porche daté par Viollet-le-Duc du XIIIème siècle et du XVème siècle pour les claires-voies.
Le chœur et les chapelles latérales sont du XVème siècle. Dans la nef, le décor roman du XIIe siècle ou début XIIIème siècle est consacré à la vie du Christ. Trois registres superposés datés de la fin du XIIIème siècle et du début du XIVème siècle illustrent une procession, la Genèse, la vie de saint Jean-Baptiste et le déluge.
Les peintures murales de Moutiers constituent un des plus grands ensembles de Bourgogne. D'autres peintures murales du XIVème au XVIème siècle sont présentes dans le chœur et les chapelles latérales
Les dalles du sol proviennent de l'ancien cimetière qui se trouvait à l'emplacement de l'église, une porte à gauche de l'autel à été murée, dérrière cette dernière se trouvait un souterrain qui allait au monastère et qui a sauvé la vie aux moines le jour où le Huguenots envahirent l'église et croyant les moines cachés dans le clochet y mirent le feu.
La grille en fer forgé à l'intérieur de l'église..... est en bois !
A signaler un des bancs de l'église fut réalisé par un menuisier gratuitement en remerciement aux moines de lui avoir appris la lecture et l'écriture.